В файле composer.json проекта в разделе "drupal-scaffold" можно исключать отдельные файлы.
"extra": { "drupal-scaffold": { "locations": { "web-root": "web/" }, "file-mapping": { "[web-root]/.htaccess": false } }, }
При обновлении они будут пропущены:
Scaffolding files for drupal/core: - Skip [web-root]/.htaccess: overridden in drupal/recommended-project