composer

В файле composer.json проекта в разделе "drupal-scaffold" можно исключать отдельные файлы.

"extra": {
        "drupal-scaffold": {
            "locations": {
                "web-root": "web/"
            },
            "file-mapping": {
                "[web-root]/.htaccess": false
            }
        },
  }

При обновлении они будут пропущены:

Scaffolding files for drupal/core:
  - Skip [web-root]/.htaccess: overridden in drupal/recommended-project