Search API позволяет переиндексировать элементы в двух режимах - немедленная индексация и отложенная индексация. При запуске отложенной индексации элементы только отмечаются как устаревшие, сам индекс при этом не изменяется. Только при очередном запуске крона устаревшие элементы будут (пачками) переиндексироваться. За размер пачки отвечает параметр "Cron batch size" в настройках импорта.